Penetapan struktur dan strategi penataan Gereja sebenarnya harus merupakan penjabaran dari pemahaman kita tentang hakekat dan fungsi Gereja. Alkitab menggunakan beberapa istilah dan lukisan yang menolong kita untuk memahami hakekat Gereja yang sebenarnya. Gereja adalah: ekklesia, yaitu Gereja yang kudus dan am yang tidak nampak yang merupakan umat tebusan Allah yang dipanggil keluar dari dunia ini, yang juga melibatkan ke dalamnya sebagian dari gereja yang nampak yaitu gereja-gereja lokal; tubuh Kristus, yang menekankan hubungan organis yang ada antara warga gereja dengan Kristus dan dengan sesama warga dan yang di dalam mana berbagai karunia Kristus dinyatakan dan dipraktekkan; pengantin perempuan Kristus, yang menunjuk kepada kasih Kristus dalam harga tebusan-Nya untuk kita dan tujuan akhir mulia kita dalam kekekalan kelak; bangunan Allah, yang menekankan penghayatan kehadiran Allah dalam ibadah yang aktif menyatakan kasih dan pelayanan; Kerajaan Allah, yang menghubungkan gereja dengan pemerintahan dan rencana Allah atas semesta ini; keluarga Allah, yang melukiskan keakraban hubungan persekutuan dalam keluarga Allah tersebut; kawanan domba Allah, yang menegaskan ketergantungan gereja kepada Sang Gembala dan jaminan Sang Gembala pada gereja; dan kebun anggur Allah, yang menekankan tentang apa yang Allah tunggu dan harapkan dari gereja-Nya.
Dari ungkapan-ungkapan tadi dapat kita simpulkan beberapa karakteristik penting dalam kehidupan gereja: 1) kudus: yaitu umat yang ada di dalam Kristus dan karya-Nya dan karena itu telah dikuduskan dan sedang hidup terus dalam proses pengudusan; 2) am: yaitu sifat universal dari gereja yang merangkul seluruh umat tebusan dari zaman PL, PB sampai kedatangan Kristus kedua kali, tanpa memandang perbedaan-perbedaan kelas; 3) apostolik: dibangun atas Alkitab sendiri dan dipanggil untuk mempertahankan sifat Alkitabiah ini; 4) misioner: bertugas sebagai utusan Kristus yang bersaksi tentang Kristus kepada dunia ini.
Sebenarnya semua hakekat gereja tadi telah ditemukan dan ditekankan ulang oleh perintis-perintis Reformasi, tetapi mengapa pertumbuhan selanjutnya tidak sesuai? Penyebabnya mungkin karena para Reformator terlalu sibuk menekankan pada ajaran yang melawan ajaran Roma Katolik, hingga pada akhirnya gereja-gereja Reformasi sangat ditandai oleh penekanan pada pemberitaan Firman oleh golongan cleros. Akibatnya, umat yang seharusnya dinamis dan interaktif, kurang dikembangkan.
