Pada abad ke-III keadaan gereja makin dipengaruhi kekafiran dan lebih-lebih ketika uskup Roma memproklamirkan dirinya sebagai Paus. Sinkretisme aktip dilakukan oleh para Apologet yang berusaha untuk menyesuaikan Injil dengan semangat zaman. Logos dalam pengertian Yunani yang berarti "sesuatu yang bukan Allah dan bukan pula dari dunia, melainkan jabatan antara roh dan zat benda, bahkan dengan Logos itulah Allah menciptakan dunia ini", sekarang disamakan dengan Logos yang adalah Firman dalam Yohanes 1:1.939
Puncak dari sinkretisme dengan kekafiran itu terjadi pada awal abad ke-IV ketika Constantinus menjadi raja Roma dan dunia dikristenkan dengan akibat fatal bahwa kekristenan diduniakan. Dihadiahkannya Basilika yang adalah gedung-gedung kehakiman Romawi dengan segala perlengkapannya termasuk patung-patung berhala dan mezbah kurban kafir kemudian disinkretisasikan ke dalam ibadat Katolik. Sinkretisme dengan tradisi kekafiran demikian menjalar dalam bentuk-bentuk seperti pertikaian tentang Logos dan perselisihan tentang kedua tabiat Kristus yang berlarut-larut.
Suasana sinkretisme demikian jelas terlihat pada kehidupan Agustinus yang terpengaruh Manicheisme, semacam gnostik Parsi yang bersifat asketik dan dualistis yang merupakan campuran dari berbagai-bagai pemikiran kafir. Kemudian ia terpengaruh filsafat Neo-Platonisme. Menarik sekali bahwa kemudian Agustinus bertobat dan kemudian masuk Kristen dan menjadi Uskup di Hippo, Afrika Utara.
Pada tahun 1054 Gereja Orthodox Timur memisahkan diri dari gereja Barat (Roma Katolik) dan lebih terpengaruh oleh Mistisisnre dan Praktek Askese agama-agama Timur.
Memasuki keenam perang-perang salib (1095-1229), negara-negara Eropa yang umumnya menganut agama Katolik Roma kemudian mengalami sinkretisme dengan filsafat Aristoteles yang mereka jumpai terjemahan buku-bukunya di Arabia, itulah sebabnya kemudian rasionalisme makin menginjakkan kakinya di gereja Barat.
